Zur natürlichen Fauna Baden-Württembergs zählen 53 Fisch-, drei Neunaugen- und drei Flusskrebsarten. Nach Aussage der aktuelle Roten-Liste für Baden-Württembergs Fische, Neunaugen und Flusskrebse sind von diesen 59 Arten landesweit sechs verschollen, acht vom Aussterben bedroht, 16 stark gefährdet und fünf gefährdet. Fünf Arten sind potentiell gefährdet und stehen auf der Vorwarnliste. Eine Art konnte aufgrund unzureichender Daten nicht eingruppiert werden. 18 Arten unterliegen derzeit keinem Gefährdungsrisiko.
Bedingt durch schlechte Wasserqualität, Ausbau und Verbauung der Gewässer, Stauhaltungen und vieles andere mehr sind bis Mitte der sechziger Jahre viele Fernwanderfische verschwunden und die anderen Fischarten auf weniger als die Hälfte ihrer Populationen zurückgegangen.
Gewässersanierungen, Kläranlagenbau, Renaturierungen usw. haben seit dieser Zeit dazu geführt, daß ein großer Teil der gefährdeten Arten wieder eingebürgert werden konnte, zum Teil jedoch bisher nur in einigen wenigen Gewässern.
Die Fischereivereine haben durch die Wiederherstellung natürlicher Bedingungen und der morphologischen Vielgestaltigkeit in Verbindung mit Besatzmaßnahmen wesentlich dazu beigetragen.
Leider können sich noch nicht alle Arten natürlich
vermehren, weil die oben genannten Gewässerschäden nicht in jedem Falle zu beseitigen sind.
Heute findet man wieder fast alle der ursprünglich vorkommenden Fischarten, zum Teil allerdings nur in Einzelexemplaren. Stark gefährdet sind insbesondere anadrome Wanderfische, die vom Meer zum Laichen in die Flüsse aufsteigen und Fließwasserfische. Am wenigsten gefährdet sind die euryöken Arten, also Arten, die Schwankungen lebenswichtiger Umweltfaktoren innerhalb weiter Grenzen ertragen.
Voraussetzungen für die Wiedereinbürgerung von Arten und der Stabilisierung von Fischbeständen sind die Wiederherstellung der Gewässerbiotope (insbesondere Laichbiotope) und intensive Hegemaßnahmen -Fischartenschutz heißt Biotopschutz.